Para garantir o nível de qualidade dos serviços do Complexo hospitalar da BP, a Sociedade, sua mantenedora, montou a estrutura organizacional de suas Unidades, de acordo com os parâmetros adotados pelas organizações hospitalares de alto padrão, em todo país. O complexo hospitalar conta com as seguintes gerências: A Gerência Assistencial, responsável por todos os serviços médico-hospitalares e suas clínicas, atividade-fim do hospital e a Gerência Administrativo-Financeira, responsável pela administração do patrimônio, de pessoal e de material e pela execução das atividades financeiras inerentes à gestão da Instituição, bem como pelos serviços de apoio que sustentam o perfeito funcionamento da unidade hospitalar.